近年來，中國的執政黨實事求是地調整了執政理念和經濟方針。2003年提出放棄單純追求GDP，強調科學發展觀所內涵的循環經濟、有效經濟；2005年提出資源節約、環境友好；2007年進一步提出“生態文明”理念。據此改變了1956年因國家工業化需求而確立的“農業現代化”指導思想，提出：“發展現代農業是建設新農村的首要任務”；其中的對農業本體論做出的調整是：“農業不僅具有食品保障功能，而且具有原料供給、就業增收、生態保護、觀光休閑、文化傳承等功能。建設現代農業，必須注重開發農業的多功能性”。

2007年中央一號文件甫一出臺，就有海外學者積極評價：中國終于出臺了類似歐盟、日本的農業保護政策。接著，國務院批準把農業污染列入全國污染普查。2008年7月，國務院首次召開全國農村環保會議，強調“統籌城鄉經濟社會發展和環境保護，切實把農村環保放到更加重要的戰略位置”。

這種情況下，各地、各相關部門本該“與時俱進”地調整以往過分強調農業的產業化和現代化的政策思路，把農業的政府導向轉向到生態農業、現代農業上來。然而，幾十年來，與農業污染和食品質量問題相關的投入品和產出品的加工、貿易、技術、宣傳媒介等產業資本已經在這種生產方式之中形成了復雜的利益關系，不可避免地對其后的發展和制度變遷形成路徑依賴，各種利益集團及其代表都確實難以為生態文明和人類的可持續發展讓出眼前利益。

因此，現代農業不僅是技術問題，而是涉及到技術、政策、管理等，乃至于自然科學領域的多方面的多學科交叉問題。

任何制度變遷都有成本，諾思認為，對路徑依賴起決定作用的是制度背后的利益得失。當前，發展現代農業的最大難點是如何最低成本地調整現有的利益格局，即弱化原有與農業產業化利益相關集團的阻力，建立有利于生態農業發展的利益導向。

此外，在非農產業大量吸納農村剩余力的大環境下，農業生產者因其勞動力要素重新定價，寧愿放棄單純農業生產的效益最大化而大量使用化學品來替代勞動，這是發展生態農業的一個重要的不利因素。因此，發展多功能生態化農業，除了要大力破除既得利益集團的阻力外，還應配套其他的激勵機制：

第一，在生產環節，應考慮建立公共財政為主的生態價值補償機制。這在理論上已無可爭議，實踐中的最大難點是政府如何克服與分散小農之間過高的交易成本。往往，在交易成本的難題面前，有自身利益取向的政府部門選擇與產業資本和農村精英合作，一方面導致公共資源被“精英俘獲”，另一方面無法激勵普通農戶的環境意識，而生產者自我約束在發展生態農業中是非常重要的。

第二，在社會資源動員方面，可以考慮構建城鄉之間的新型“公平貿易”框架，弱化環境友好型農產品對原有產業資本主導的營銷渠道的依賴，將過去產業資本占有的初加工、流通環節的利潤，在生產者和消費者之間重新分配，鼓勵消費者的“環境友好型”購買決策，從而形成生產者—消費者—環境之間的多重正反饋環。

環境庫茲涅茨曲線（EKC）假說認為，在經濟增長、產業結構和技術結構演進的過程中，資源與環境問題先出現逐步加劇的特征，但到一定轉折點時環境質量又隨經濟進一步發展而逐步好轉。許多發達國家證明了庫茲涅茨倒U環境曲線假設是成立的；然而，各國環境庫茲涅茨曲線在轉折點出現時所對應的收入水平差異較大，而且生態環境的破壞在一定程度上是不可逆的，超過了閾值則完全不可逆。

客觀來看，發展中國家并不具備發達國家依靠對外轉嫁制度成本來緩解國內環境問題的可能，因此等待EKC拐點“自發”出現并不現實。在生態、環境的負反饋集中、極端爆發之前，越早轉向生態文明，在人與自然的和諧相處中越處于主動。

我國農業污染量目前已占到全國總污染量（指工業污染、生活污染及農業污染的總和）的l/3～l/2。在向生態文明的轉變中，中國的農業將是可為空間最大的一個領域；但，如果放任原來的負外部性肆虐，也將受到最嚴重的懲罰。